廠家提供信息       該研究團隊利用蛋白質基因組學，對三角褐指藻的基因組進行了深度注釋，構建出其蛋白質組精細圖譜，對此前的注釋信息做了大量的修正與補充。更為矚目的是，該團隊在實驗中建立的一套實驗流程和分析軟件，可適用于已完成基因組測序的所有生物，為基因組的解讀提供了重要工具。基因組測序得到的是一本寫有核苷酸長序列的“無字天書”。哪一小段序列構成一個基因，這個基因能否指導合成蛋白、能合成哪些蛋白，在這本“書”上是找不到答案的。要回答以上問題，就需要科學家們做進一步的注釋。

廠家　　以往的注釋工作，多是從生物信息學的角度進行。這是通過算法計算來預測能翻譯蛋白的基因（也稱編碼基因），以及它們各自在基因組中的位置，但這種方法會遺漏許多編碼基因，或對基因做出錯誤的注釋。隨著蛋白質組學的發展，一種利用蛋白質組數據對基因組進行深度注釋的研究方向悄然興起。具體來說，就是提取生物細胞內所有的蛋白質，通過質譜分析法得到每個蛋白的氨基酸序列，再在計算機上將其與基因組序列進行大量比對，反推出各編碼基因的精確位置。

廠家　　“眼見為實自然比基于運算推測來得可靠。”據該研究成果的作者楊明坤介紹，這次實驗不僅為許多已知的編碼基因如何在蛋白質水平上表達提供了證據支持，還發現了新的編碼基因，其中有56個在此前被錯誤預測為非編碼基因，另有編碼基因的錯誤注釋得到校正。能解析蛋白質翻譯后修飾現象，是蛋白質基因組學的另一優勢。通過20種氨基酸合成的蛋白質，通常要再經過一道加工工序，才能成為具備某種功能的成熟蛋白，而加工的類型往往是多樣的。這就意味著，相同的氨基酸序列，可能會形成不同種類的成熟蛋白。此次研究發現的20多種蛋白質翻譯后修飾，就是這一優勢的佐證。